在分子生物学和医学研究领域,福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本作为一种重要的生物资源,储存了丰富的历史样本和临床数据。然而,由于在固定和存储过程中,DNA容易降解、交联和片段化,FFPE样本在进行二代测序(NGS)分析时成为了技术瓶颈。因此,如何从FFPE样本中提取合格的DNA并建立合适的文库,已成为当前测序研究领域亟待解决的问题。
什么是FFPE样本
FFPE样本是指经过福尔马林固定和石蜡包埋(Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded)技术处理的生物组织样本。这种方法能够有效延长组织标本的保存时间并便于运输,广泛应用于病理学、组织学和分子生物学研究,尤其是在癌症和遗传学领域,是研究历史样本和临床数据的重要来源。
FFPE样本的应用
通过福尔马林固定,FFPE样本可以有效保存组织结构和细胞形态,同时石蜡包埋为样本提供了稳定的保存条件。这些样本在临床和科研中具有高度的可存档性,能够跨越数年的保存时间,从而支持回顾性研究。总体而言,FFPE样本是连接临床病理数据与分子研究的重要桥梁,尤其适合从大量历史临床样本中提取基因组信息的科研项目。
FFPE样本的特点
FFPE组织切片被认为是生物医学研究的“瑰宝”,其蕴藏着丰富的疾病信息,为临床诊断和科学研究提供了重要支持。然而,FFPE标本的制作过程如同双刃剑,既赋予它许多优势,也带来了挑战。
高质量建库,修复是关键
从FFPE样本中提取临床材料是一种普遍且有效的方法,但固定和保存过程可能会影响样本中的核酸质量。为了获得高质量的序列数据,尤其是在样本量有限的情况下,这一过程的挑战性愈加明显。尊龙凯时推出的FFPE修复试剂(HieffNGS® FFPE DNA Repair Reagent, Cat#12606ES)是一种由多种酶经过特定配方优化混合而成的产品,经过验证能够有效修复FFPE样本中的DNA。该修复试剂不仅提高了文库产量,还有助于整体提升建库的成功率。
修复能力总结
在文库构建过程中,我们设置了两组实验,针对相同的样本进行比较:一组在末端修复加A步骤中加入修复试剂,另一组则不添加。实验结果显示,使用FFPE修复试剂显著提高了低质量样本的文库产出,而对高质量样本的产量提升则不明显。此外,经过在4℃及25℃恒温条件下的稳定性测试,结果表明文库产量在4周后与对照组相比基本无明显下降趋势。
挖掘FFPE样本的潜力
FFPE样本承载着大量珍贵的临床和科研数据,通过尊龙凯时的FFPE样本修复试剂,研究人员可以最大限度地挖掘这些样本的潜力,将“沉睡”的数据转化为推动医学进步的重要资源。无论您是从事肿瘤基因组研究、遗传学分析,还是历史样本解读,我们的FFPE修复试剂都能够为您的研究提供重要支持。
产品选择指南
产品名称 | 产品编号 | 产品应用
MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit | V218375ES | 磁珠法石蜡包埋组织DNA提取试剂盒(瓶装)
HieffNGS® FFPE DNA Repair Reagent | 12606ES | FFPE DNA样本修复试剂
HieffNGS® DNA Library Prep Kit | 2012927ES | 全能型DNA建库试剂盒
HieffNGS® One Pot Pro DNA Library Prep Kit V3 | V312194ES | 一步法DNA建库试剂盒
HieffNGS® Enzymatic DNA Library Prep Kit |(未提供) | 酶切法建库